Atelier Sophie 2: El Alquimista del Sueño Misterioso continúa la historia de las muchas aventuras de Sophie y Plachta. Después de abandonar la ciudad natal de Sophie Kirchen Bell la pareja descubre un enorme árbol idéntico al que Plachta había visto en un sueño; y a medida que se acercan un misterioso vórtice los tira dentro. Sophie despierta sola en un mundo curioso llamado Erde Wiege y no es mucho antes de que escuche hablar de un alquimista llamado Plachta que vive en las afueras de la ciudad. Sorprendentemente cuando Sophie llega al taller conoce a una joven entusiasta de la alquimia llamada Plachta y aunque la alquimista comparte el mismo nombre que su amiga no reconoce a Sophie. ¿Qué otras sorpresas esperan a Sophie en este viaje? A medida que la aventura continúa; Sophie se encuentra con el aspirante a alquimista Ramizel Erlenmeyer quien acepta voluntariamente ayudarla en su momento de necesidad. La narrativa se desarrolla elegantemente con un nuevo estilo visual encantador que combina el arte de la subserie Mysterious con los gráficos y animaciones de alta calidad que aparecen en Atelier Ryza 2: Lost Legends y el Hada Secreto de 2021.